A FORDESI por via da sua unidade de Investigação e Desenvolvimento tem capacidade própria de inovação que tem sido consolidada com a participação nos últimos anos em vários projectos de investigação Nacionais e Europeus na área dos sistemas de informação e integração de sistemas (Fluent, Whales , FORgest). Esta capacidade de inovação interna resultou sempre na introdução de metodologias e tecnologias inovadoras nos produtos e serviços oferecidos pela FORDESI, que são actualmente factores diferenciadores e de garantia da qualidade perante os seus clientes.

Foi realizado um protocolo de cooperação científica com o CCISEL que se traduziu na participação desta entidade na validação de modelos lógicos e na organização tecnológica. A existência de consultadoria especializada em análise e desenvolvimento de sistemas nas áreas das tecnologias de Internet e de engenharia de software, dotou a FORDESI de know-how científico. Em conjunto foram criadas as arquitecturas tecnológicas que suportam actualmente os produtos da FORDESI, tendo sido aí tratadas todas as preocupações de escalabilidade, abertura, performance, interoperabilidade, segurança e clareza de modelos são actualmente utilizados na FORDESI.

Com outras entidades foi realizado um trabalho conjunto de introduzir novas e inovadoras metodologias de desenvolvimento de software. Esta abordagem permitiu uma gestão estruturada e integrada com ferramentas de análise, controlo de versões e documentação do software, resultando na melhoria da qualidade e suporte ao software realizado bem como a optimização das equipas de desenvolvimento.